A.I.C.O. -Incarnation- animesi, 2035 yılında Japonya'da gerçekleşen ve "Burst" olarak bilinen bir kazanın ardından kontrol dışı bir yapay yaşam formunun ortaya çıkmasını ve bu yaşam formunun Kurobe Gorge'a yayılmasını konu alır 124.

Bir zamanlar insanlığın umudu olarak övülen araştırma kenti, bu olayın ardından hükümet tarafından karantinaya alınır 24.

İki yıl sonra, ailesini "Burst"te kaybeden 15 yaşındaki Aiko Tachibana, yeni okulunda tanıştığı Yuya Kanzaki'den, içindeki sırrın cevabının "Burst"ün merkezi olan Primary Point'te saklı olduğunu öğrenir 124. Aiko, Yuya'nın rehberliğinde bir grup dalgıçla birlikte yasak bölgeye girmeye karar verir 124.

Animenin anlatısının geri kalanında, bir kızın ve bir oğlanın karşılaşmasının hangi gerçekleri ortaya çıkaracağı işlenir 24.

Ayrıca, A.I.C.O. -Incarnation- animesi, "A.I.C.O." kısaltmasının "Artificial Intelligent Cellular Organism" (yapay akıllı hücresel organizma) anlamına gelmesiyle de ilişkilidir 5.