Æon Flux, 2415 yılında geçen ve insanların duvarlar arasında yaşadığı bir distopik geleceği anlatır. Filmin konusu: Bir salgın sonucu insanların öldüğü ve öldürüldüğü bu dünyada, Aeon, hükûmet ajanları tarafından öldürülen ailesinin intikamını almak için bir grupla birlikte hükûmete karşı çalışır. Aeon, Trevor Goodchild'a suikast göreviyle gönderilir, ancak bu görevin arkasında daha derin sırlar ve komplo teorileri yatar. Temalar: Film, insanoğlunu tehdit eden sorunlara ve bu sorunlarla kendini soyutlayan güçlerle beraber yaşayan son insan ırkına odaklanır. Klonlama gibi konular da işlenir.