"Teşkilat" dizisi iki farklı nedenle yasaklanma riski yaşamıştır: 1. Siyasi İçerik Tartışması: CHP Giresun Milletvekili Necati Tığlı, dizide CHP Genel Başkanı Kemal Kılıçdaroğlu'nun "Geliyor Gelmekte Olan" sözünün terör örgütü temsilcisi rolündeki bir karaktere söyletilmesini siyasi ahlakla bağdaşmayan bir yaklaşım olarak değerlendirerek RTÜK'e suç duyurusunda bulunmuştur. 2. Marka Hakkı İhlali: Dizinin yapımcısı Kazım Karabekir Kurtoğlu, dizinin marka hakkının kendisine ait olduğunu ve senaryosunun çalındığını iddia ederek TRT ve dizi yapımcısı TİMS B Stüdyo aleyhine haksız rekabet ve marka haklarının ihlali gerekçesiyle dava açmıştır.