Doğal havuzun bakımı, geleneksel havuzlara göre daha zor olabilir, çünkü kimyasal değil, biyolojik denge prensibine dayanır. Doğal havuz bakımında dikkat edilmesi gerekenler: Bitkilerin bakımı: Temizleme bölgesindeki bitkilerin düzenli olarak bakımı yapılmalı, fazla büyüyen veya zarar gören bitkiler temizlenmelidir. Biyolojik filtre temizliği: Doğal filtreler olan çakıl ve kumun, belirli aralıklarla temizlenmesi veya yenilenmesi gerekir. Su dengesinin korunması: Sıcaklık veya yağış gibi dış etkenlere bağlı olarak biyolojik dengenin bozulmasını önlemek için düzenli kontroller yapılmalıdır. Doğal havuz bakımı için uzman görüşlerine başvurulması önerilir.