Transit ticarete konu olan mallar, Türkiye’ye hiç gelmeden başka bir ülkeye satıldığında KDV’ye tabi değildir. 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 1 ve 6. maddeleri uyarınca, teslim anında Türkiye’de bulunmayan malların KDV’ye tabi olmadığı belirtilmektedir. Ancak, antrepo ve serbest bölgelerden alınan malların yurtdışına, başka bir antrepoya yahut serbest bölgeye satılması halinde hem alım hem de satım işlemi KDV’den istisnadır. Ayrıca, Türkiye üzerinden transit ticaret yapan yurt dışındaki firmalara limanlarda verilen gümrük müşavirliği hizmeti, Türkiye’de ifa edilmesi nedeniyle KDV’ye tabidir. KDV istisnası kapsamında yapılan transit ticaret, KDV beyannamesinde “Kısmi İstisna Kapsamına Giren İşlemler” bölümünde, 235 kodlu satır kullanılarak belgelenir.