Varlık Fonu, Cumhurbaşkanı tarafından görevlendirilecek sermaye piyasaları, finans, ekonomi, maliye, bankacılık, kalkınma alanlarında uzman en az üç merkezi denetim elemanı tarafından bağımsız denetim standartları çerçevesinde denetlenmektedir. Ayrıca, Türkiye Büyük Millet Meclisi Plan ve Bütçe Komisyonu da her yıl Ekim ayında Varlık Fonu'nun faaliyetlerini denetlemektedir.