Vergi incelemesinde dikkat edilen bazı hususlar şunlardır: Defter, kayıt ve belgelerin mevzuata uygunluğu. Beyan edilen gelir ve giderlerin gerçekliği. Vergi kanunlarına göre indirim, istisna, teşvik ve muafiyetlerin doğru kullanılıp kullanılmadığı. Vergi beyannamelerinin zamanında verilip verilmediği ve vergilerin doğru ödenip ödenmediği. İşletmeye dahil iktisadi kıymetlerin fiili envanterinin yapılıp yapılmadığı ve beyannamelerde gösterilip gösterilmediği. Ayrıca, gerçek olmayan faturalar, kayıtdışı hasılat, şirket ortaklarına yapılan örtülü kazanç dağıtımı, şüpheli alacaklar ve bağış ile sponsorluk giderlerinin suistimali gibi durumlar da incelenir. Vergi incelemesi, 213 sayılı Vergi Usul Kanunu’nun 134-141. maddeleri arasında düzenlenmiştir.