BES fonlarında vergi hesaplaması, katılımcının sistemde kalma süresine ve ayrılma şekline göre değişir. Stopaj kesintisi, sadece sistemden ayrılma aşamasında yapılır. 10 yılı tamamlamadan ayrılma: %15 stopaj. 10 yılı tamamlayıp 56 yaşını bitirmeden ayrılma: %10 stopaj. Emeklilik, vefat veya maluliyet: %5 stopaj. Vergi avantajı, ücretli çalışanlar için aylık brüt ücretin %15’ini ve brüt asgari ücretin yıllık tutarını aşmayan kısım üzerinden gelir vergisi indirimi olarak sağlanır. Yönetim gider kesintisi, ilk 5 yıl boyunca yapılır ve bu kesinti, şirketin operasyonel masraflarını karşılamak için alınır. Vergi hesaplamaları karmaşık olabileceğinden, bir finansal danışmandan destek alınması önerilir.