Zincirlikuyu'nun hikayesi, ismini veren zincirli kuyu ile ilişkilidir. Semtin yakınında, günümüzde askeri lojmanların hemen arkasında yer alan ve artık var olmayan bir kuyu bulunmaktadır. Ayrıca, Zincirlikuyu'nun bulunduğu alan, 1870 yılında Osmanlı Sultanı Abdülaziz'in oğlu Yusuf İzzeddin Efendi için yaptırılan yazlık bir av köşkünün bahçesiydi.