Papa Joan, görevi sırasında doğum yapması ve kadın olduğunun anlaşılması üzerine görevinden alındıktan sonra öldürülmüştür. Ölümüne dair kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, öfkeli kalabalık tarafından taşlanarak veya atların arkasına bağlanıp sürüklenerek öldürüldüğü rivayet edilmektedir.