İstanbul'daki çöpler, geri dönüşüm, gömme, kompostlaştırma ve yakma gibi yöntemlerle bertaraf edilmektedir. Gömme: Evsel, tıbbi ve tehlikeli atıklar düzenli çöp depolama alanlarına götürülerek gömülür. Geri dönüşüm: Kağıt, cam, karton ve plastik gibi atıklar endüstriyel tesislere götürülür. Kompostlaştırma: Ayrıştırılan çöpler kompost tesislerine götürülerek gübre üretiminde kullanılır. Yakma: Tıbbi atıklar özel fırınlarda yakılır. İstanbul'da çöplerin toplandığı ve aktarma işlemlerinin yapıldığı bazı yerler: Baruthane; Yenibosna; Halkalı; Ümraniye-Hekimbaşı; Tuzla-Aydınlıköy. Ayrıca, Kemerburgaz-Göktürk Odayeri ve Şile Kömürcüoda'da düzenli çöp depolama merkezleri bulunmaktadır.