İskenderun Deniz Üssü, Türk Deniz Kuvvetleri'ne bağlı olarak çeşitli askeri faaliyetler yürütmektedir. Üssün bazı işlevleri: Eğitim: Türkiye'nin üç büyük deniz eğitim merkezine ev sahipliği yapar. Güvenlik Değerlendirmesi: Doğu Akdeniz’deki güvenlik uygulamaları ve kıyı bölgelerinin korunması gibi konularda çalışmalar yapılır. Askeri İş Birlikleri: Bölgedeki olası tehditlere karşı alınan tedbirler ve yürütülen operasyonlar değerlendirilir. Deniz Ekonomisi: Deniz ekonomisinin ticari ve ekonomik önemi üzerinde durulur.