DNA'nın iki zinciri, hidrojen bağları ve hidrofobik etkileşimler sayesinde bir arada tutulur. Hidrojen bağları: Adenin (A) her zaman timinle (T) iki hidrojen bağı, guanin (G) ise sitozinle (C) üç hidrojen bağı oluşturur. Hidrofobik etkileşimler: Sarmalın içe bakan yüzünde yer alan pürin ve pirimidin bazları, hidrofobik etkileşimlerle bir arada tutulur. Ayrıca, DNA zincirlerini bir arada tutan zayıf hidrojen bağları, DNA helikaz enzimi tarafından koparılır.