Denizaltı Filo Komutanlığı, Türk Deniz Kuvvetleri'ne bağlı olarak aşağıdaki görevleri yerine getirir: 1. Envanterdeki denizaltıların sevk ve idaresini yapmak. 2. Denizaltından gelebilecek her türlü tehlikeye karşı anavatanı korumak. 3. Yeni tip denizaltıların modernizasyon çalışmalarını takip etmek ve uygulamak. 4. Uluslararası sularda NATO ve diğer ittifaklarla ortak tatbikatlara katılmak. 5. Sualtı operasyonları, denizaltı karşıtı harekâtlar, keşif ve gözetleme gibi görevleri yerine getirmek.