Zellweger hastalığı, peroksizom adı verilen hücre içi organellerin işlev bozukluğu sonucu ortaya çıkar ve genetik bir mutasyon nedeniyle oluşur .
Bu hastalığın temel nedeni, PEX genlerinde meydana gelen sorunlardır . Bu genler, peroksizomların düzgün çalışması için gereklidir ve mutasyon durumunda peroksizomlar görevlerini tam olarak yerine getiremezler .
Zellweger hastalığı, otozomal resesif bir şekilde kalıtılır, yani çocuğun hastalığa sahip olabilmesi için hem anneden hem de babadan hatalı geni alması gerekir .