YÖK (Yükseköğretim Kurulu) akademik ücretli bir kurum değildir. Ancak, vakıf üniversitelerinde akademik personelin maaşlarıyla ilgili bazı düzenlemeler YÖK tarafından yapılmaktadır. Örneğin, YÖK, vakıf üniversitelerinde çalışan öğretim görevlilerinin devlet üniversitelerindekilerden az maaş alamayacağı yönünde bir karar almış ve bu konuda incelemeler yürütmüştür.