Yükseköğretim Dergisi'nde aşağıdaki konular yer almaktadır: Yükseköğretim Yönetimi; Yükseköğretim Politikaları ve Stratejileri; Yükseköğretimde Eğitim-Öğretim (genel eğitim konuları, eğitim teknolojileri, ölçme-değerlendirme vb.); Yükseköğretimde Üniversitelerin Yapılandırılması; Yükseköğretimde Kalite ve Akreditasyon; Yükseköğretimde Bilim Adamı Yetiştirme, İnsan Kaynakları ve Yetenek Keşfi; Yükseköğretimde Finansman; Yükseköğretimde Uluslararasılaşma; Yükseköğretimde Çeşitlilik; Yükseköğretimde Yenilikçilik, Girişimcilik ve ARGE Stratejileri.