Herbaryumda bulunan bitkiler şu şekilde sınıflandırılabilir: Yeşil kılıflar içinde olanlar: Türkiye'nin doğal ağaç, çalı ve otsu bitkileri. Sarı kılıflar içinde olanlar: Egzotik örnekler, diğer ülkelerden karşılaştırma materyali olarak sağlanan bitkiler. Turuncu renkli kılıflar içinde olanlar: "Typus" (ilk örnek) olarak adlandırılan, yeni bir bitki türünün ilk olarak incelenen örnekleri. Ayrıca herbaryumda; tohumlu bitkiler, eğrelti, liken, karpoloji ve kültür bitkileri gibi çeşitli koleksiyonlara ait örnekler de bulunur. Herbaryumlardaki bitkiler, tür, cins ve familya bazında gruplandırılır ve özel dolaplarda, genellikle alfabetik veya evrimsel sıralamaya göre saklanır.