Tokyo Üniversitesi'nde yer alan bazı fakülteler ve bölümler şunlardır: Tarım Fakültesi: Gıda bilimi, yaşam bilimi ve çevre bilimi entegrasyonu. Sanat ve Bilimler Fakültesi: Tüm birinci ve ikinci yıl öğrencileri bu fakültede eğitim alır. Ekonomi Fakültesi: Ekonomi, işletme ve maliye bölümleri. Eğitim Fakültesi: Genel eğitim bilimleri bölümü. Mühendislik Fakültesi: Altyapı, mimarlık, makine mühendisliği gibi çeşitli bölümler. Hukuk Fakültesi: Genel hukuk, hukuk meslekleri ve siyaset dersleri. Tıp Fakültesi: Tıp ve genel sağlık bilimleri bölümleri. Eczacılık Fakültesi: İlaç bilimi ve eczacılık bölümleri. Fen Fakültesi: Matematik, bilgisayar bilimleri, fizik gibi alanlar. Edebiyat Fakültesi: Kültür-medeniyet bölümü. Tokyo Üniversitesi, 10 fakülte, 15 lisansüstü okul, 11 araştırma enstitüsü ve daha birçok merkezden oluşmaktadır.