TOBB ETÜ'de tıp okumak, diğer tıp fakültelerinde olduğu gibi bazı zorluklar içermektedir. Bu zorluklar arasında: Yüksek rekabet: Tıp Fakültesi'ne giriş için sayısal sıralamada ilk 19.000 öğrenci arasına girmek gerekmektedir. Yoğun ders programı: Tıp eğitimi, sürekli bir eğitim ve öğrenim faaliyeti gerektirir, ders çalışmadan başarılı olmak mümkün değildir. Ezberleme gerekliliği: İlk yıllarda dersler, mantık örgüsü içinde öğrenilemeyebilir ve ezber yapmayı gerektirir. İngilizce eğitim: TOBB ETÜ Tıp Fakültesi'nde eğitim dili İngilizce'dir, bu da ek bir zorluk olarak karşımıza çıkar. Ancak, fakültenin öğrencileri genel olarak eğitim kalitesinden ve öğretim üyelerinin bilgisinden memnun olduklarını ifade etmektedirler.