Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: Cerrahi Klinikler: Anesteziyoloji ve Reanimasyon, Beyin ve Sinir Cerrahisi, Çocuk Cerrahisi, Genel Cerrahi, Göğüs Cerrahisi, Kulak Burun Boğaz, Ortopedi ve Travmatoloji. Dahili Klinikler: Aile Hekimliği, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Deri ve Zührevi Hastalıklar, Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon, Gastroenteroloji. Diğer Bölümler: Yanık Merkezi, Tüp Bebek (ÜYTE), ROP Tanı-Tedavi, Robotik Cerrahi, Radyoaktif İyot Tedavisi, Palyatif Bakım Kliniği, Nükleer Tıp/PET-CT, Kemoterapi-Radyoterapi, Kemik İliği-Organ Nakli.