Sabahattin Eyüboğlu, 27 Mayıs 1960 müdahalesinden sonra 147'ler içinde yer aldığı için görevinden uzaklaştırılmıştır . 147 öğretim üyesi, tembel ve yeteneksiz oldukları gerekçesiyle üniversitedeki görevlerinden alınmış, ancak 1962'de görevlerine geri dönebilmişlerdir .
Ayrıca, 12 Mart Darbesi sonrasında Eyüboğlu, Azra Erhat ve Vedat Günyol ile birlikte gizli komünist örgütü kurmak suçlamasıyla tutuklanmıştır . Dört ay hapis yattıktan sonra arkadaşlarıyla birlikte serbest bırakılmıştır .