DNA topoizomeraz mekanizması, DNA'nın topolojisini değiştirerek, DNA'nın 2. yapısını (konformasyonunu) düzenler ve DNA ile ilgili her reaksiyonda rol alır. DNA topoizomerazın bazı işlevleri: Replikasyon ve transkripsiyon: Helikazın zinciri ayırması sonucu oluşan gerginliği azaltır. Süperkıvrımların açılması: Replikasyon çatalında ortaya çıkan süperkıvrımların (super coil) açılması ve çözülmesinde görev yapar. DNA topoizomeraz iki ana tipe ayrılır: 1. Topoizomeraz I: Tek iplikli DNA'yı keser. 2. Topoizomeraz II: Çift iplikli DNA'yı keser ve bu işlem için ATP gerektirir.