Replikasyon baloncuğu, DNA replikasyonu sırasında DNA'nın helikaz enzimi tarafından açılması sonucunda oluşan yapıdır 13.

Replikasyonun başlangıcından itibaren, çift yönlü olarak açılır ve her iki ucunda DNA'nın açıldığı ve yeni zincirlerin sentezlendiği noktalar olan replikasyon çatalı bulunur 13.

Replikasyon baloncuğu içinde sentez, her iki yönde de gerçekleşiyor gibi görünse de, aslında yeni DNA zincirleri her zaman 5′ ucundan 3′ ucuna doğru sentezlenir 1.

Tüm replikasyon baloncukları birleştiğinde, iki ana zincir tamamen ayrılır ve DNA replikasyonu sona erer 5.