Yamaha YZF-R1 ve Yamaha YZF-R1M arasındaki bazı farklar: Ağırlık: R1 182 kg, R1M ise 200 kg ağırlığındadır. Sele yüksekliği: R1M 86 cm, R1 ise 85,5 cm sele yüksekliğine sahiptir. Soğutma sistemi: R1M sıvı soğutmalı, R1 ise hava soğutmalıdır. Maksimum hız: R1M, 350 km/s ile küçük bir avantaj sunar, ancak bu fark çoğu kullanıcı için hissedilir olmayabilir. Tasarım ve konfor: R1M, uzun boylu sürücüler için daha uygun bir konfor sunar. İki model de benzer motor hacmine (998 cc) ve güce (200 bg) sahiptir.