Proteus sendromu, AKT1 genindeki mutasyon nedeniyle ortaya çıkar . Bu genetik değişiklik, rastgele olarak, gelişimin erken aşamalarında, fetüsün oluşumu sırasında gerçekleşir .
Proteus sendromunun kalıtsal bir yönü yoktur, yani ebeveynlerden geçmez .