Piri Reis Üniversitesi Yönetmeliği, üniversitenin akademik ve idari teşkilatının kuruluş ve işleyişine, ilgili birimlerdeki personelin görev, yetki ve sorumluluklarına, mali konulara ve üniversiteye ait diğer hususlara ilişkin esasları düzenler. Başlıca yönetmelikler: Piri Reis Üniversitesi Ön Lisans ve Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği. Piri Reis Üniversitesi Ana Yönetmeliği. Yönetmelikler, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ve ilgili diğer mevzuat hükümlerine dayanılarak hazırlanmıştır.