Penguenlerin atası, yaklaşık 60 milyon yıl önce evrimleşen ve Yeni Zelanda'da yaşamış olan antik kuş türlerindendir. Son zamanlarda yapılan bir keşif, bilim insanlarının günümüz penguenlerinin tümünün muhtemelen bu antik kuşlardan geldiği sonucuna varmasını sağlamıştır. Tüm penguenlerin atalarının yaklaşık 160 milyon yıl önce dinozorlardan, yaklaşık 60 milyon yıl önce de bilinen kuş türlerinden ayrışarak deniz kuşlarına dönüştüğü düşünülmektedir.