Mustafa Fazıl Paşa, ağabeyi İsmail Paşa'nın Mısır'da veraset usulünün değiştirilmesi ve hidivliğin ailenin en büyüğüne değil, babadan oğula geçmesi yönündeki isteği nedeniyle sürgün edilmiştir. 27 Mayıs 1866'da yayınlanan bir fermanla veraset usulü değiştirilmiş ve hidivliğin ailenin en büyüğüne geçmesi kabul edilmiştir. Sürgün edilmesinden sonra Mustafa Fazıl Paşa, Paris'te Jön Türkler'in hamiliğini ve başkanlığını yapmış, Namık Kemal, Ziya Paşa gibi aydınların Avrupa'ya gelip yayın yaparak düşüncelerini yaymasına öncülük etmiştir.