MR'da hidrojen kullanılmasının nedeni, insan vücudunun büyük bir kısmının sudan oluşması ve su moleküllerinde bol miktarda hidrojen atomu bulunmasıdır .
MR görüntüleme yöntemi, vücuttaki hidrojen atomlarının manyetik özelliklerini kullanarak güçlü bir manyetik alan ve radyo dalgaları ile vücut içindeki yapıların detaylı görüntülerini oluşturur .