"Mavi Mağara" filminin konusu, deniz kuvvetlerinde görevli Cem'in eşini kanserden kaybetmesinin ardından yaşadığı büyük sevgiyi ve bu sevginin bir gün göstereceğine söz verdiği yer olan "Mavi Mağara"ya doğru yaptığı yolculuğu anlatır. Bu yolculuk, Cem'in Alara ile olan ilişkisinin detaylarını ortaya çıkaran ve gerçek aşkın sonsuz olduğunu yeniden doğrulayan sürpriz bir keşfe dönüşür.