Macellan Boğazı, fırtınalı güney kuşağında yer alması ve zorlu hava koşulları nedeniyle tehlikeli bir su yolu olarak kabul edilir. Boğazın tehlikeli olmasının bazı nedenleri: Gelgit farklılıkları: Su seviyesindeki gelgit, kuvvetli akıntı ve dalgalara yol açar. Kuvvetli rüzgarlar: Patagonya'da hüküm süren sert rüzgarlar, deniz yolculuğunu zorlaştırır. Dar ve kayalık bölümler: Boğazın bazı bölümleri çok dar ve kayalık adalarla çevrilidir, bu da yelkenli gemiler için risk oluşturur.