Karain Mağarası'nda tarih boyunca çeşitli dönemlerde farklı insanlar yaşamıştır. - Paleolitik Çağ'dan itibaren insanlar mağarayı sürekli bir yerleşim yeri olarak kullanmışlardır. - Klasik dönemlerde mağara bir tapınak olarak kullanılmış ve adak adanmıştır. - Neandertal insanlar da M.Ö. 39 bin yılına ait kalıntılarla mağarada yaşadıkları kanıtlanmıştır. Ayrıca, mağarada su aygırı, panter, aslan, fil, sırtlan, at, gergedan, geyik, keçi gibi hayvanların da fosilleri bulunmuştur.