Loci ve alel arasındaki temel fark şudur:
- Alel, bir genin alternatif formlarından biridir ve genellikle bir kromozomun belirli bir lokusunda (konumunda) bulunur .
- Locus ise, bir genin kromozom üzerindeki spesifik konumunu ifade eder ve genetik bir belirteç olarak da çalışır .
Bir kromozomda birden fazla alel bulunabilir, ancak bir lokusta tek bir alelden fazlası olamaz .