Mantarlar alemi, beş ana bölüme ayrılır: 1. Chytridiomycota. 2. Zygomycota. 3. Ascomycota. 4. Basidiomycota. 5. Deuteromycota (mantarlar için yapay bir bölüm olup, eşeyli spor oluşturmayan mantarları içerir). Ayrıca, Oomycota ve Hypochytridiomycota gibi diğer bölümler de mantarlarla ilgili organizmaları içerir. Mantarlar, ayrıca makro mantarlar ve mikro mantarlar olarak da ikiye ayrılabilir; mikro mantarlar, tek hücreli de olabilir.