Klorofil molekülü, merkezde bulunan bir magnezyum atomu çevresinde yer alan dört tane pirol halkasından oluşan bir yapıya sahiptir. Pirol halkalarından birine, yani molekülün 7. C atomuna, uzun ve düz zincirli bir alkol olan fitol bağlıdır. Klorofil a ve b molekülleri arasındaki fark, 2. pirol halkasının 3. karbon atomuna bağlanmış olan gruplardan kaynaklanır. Klorofil, fotosentez sürecinde ışık enerjisini kimyasal enerjiye dönüştüren bir pigmenttir.