Kleopatra'nın mezarının bulunamamasının birkaç nedeni vardır: 1. Su Altında Kalma: Kleopatra'nın sarayının da yer aldığı İskenderiye'nin bazı bölümleri, 2.000 yılda oluşan erozyon nedeniyle su altında kalmıştır. Bu durum, mezarın su altında kalmış olma ihtimalini artırmaktadır. 2. Antik Dönemde Yok Edilme: Mezar, antik dönemlerde yok edilmiş olabilir. 3. Modern Şehir Gelişimi: Mezar, İskenderiye'de modern şehir gelişiminin altında kalmış olabilir. 4. Soyulma: Mezarın antik zamanlarda soyulmuş olma ihtimali de bulunmaktadır. Bu nedenlerle, Kleopatra'nın mezarının bulunması oldukça zor görünmektedir.