İstanbul Üniversitesi Tıp Tarihi Müzesi'nde aşağıdaki eserler ve koleksiyonlar bulunmaktadır: 1. El Yazmaları ve Kitaplar: Osmanlıca, Fransızca, Almanca ve İngilizce matbu kitaplar ve süreli yayınlar. 2. Tıp Aletleri: Osmanlı dönemine ait cerrahi ve tıbbi aletler, ecza araç-gereçleri. 3. Tarihi Fotoğraflar ve Çizimler: Tıp eğitimi ve tanı amaçlı kullanılan cihaz ve aletlerin tarihi fotoğrafları ve çizimleri. 4. Portreler ve Fermanlar: Ünlü hekimlerin ve diğer sağlık çalışanlarının portreleri, fermanlar ve nişanlar. 5. Folklorik Tıp Objeleri: Nazarlıklar, kan taşları ve şifa tasları gibi folklorik tıp objeleri. 6. Antik Dönem Cerrahi Alet Takımı: Müzede antik döneme ait bir cerrahi alet takımı da sergilenmektedir. Müze, 2012 yılından beri restorasyon nedeniyle kapalıdır.