Kabukluların boşaltım sistemi, anten (birinci çift) ve maksiller (ikinci çift) bezler aracılığıyla çalışır. Anten bezleri, ikinci antenin tabanında bulunan gözeneklerden dışarı açılır. Maksiller bezler, ikinci maksilla çiftinin tabanında bulunan gözeneklerden dışarı açılır. Kabukluların boşaltım organları, coelomoducts olarak adlandırılan modifiye edilmiş çölomik keseler ve tübüllerden oluşur. Boşaltım gözeneklerinin açıldığı yere bağlı olarak, kabukluların iki tür böbreği olduğu kabul edilir: 1. Anten böbrekleri. 2. Maksiller böbrekleri. Kabuklularda deri değiştirme sırasında, dış kitinöz örtüye ek olarak ön ve arka bölümlerin astarı da dökülür.