İnsan vücudunda 1000'in üzerinde farklı bakteri türü bulunmaktadır. Bu bakteri türlerinden bazıları şunlardır: Bağırsaklarda: Escherichia coli, Bacteroides fragilis, Lactobacillus, Bifidobacterium, Clostridium. Deride: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Propionibacterium acnes. Ağızda: Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, Porphyromonas gingivalis. Burun ve solunum yollarında: Staphylococcus aureus, Corynebacterium. Üreme sisteminde: Lactobacillus acidophilus, Gardnerella vaginalis. Midede: Helicobacter pylori. Ancak, henüz birçok bakteri türü tanımlanmamıştır.