Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde üç ana bölüm bulunmaktadır: 1. Temel Tıp Bilimleri Bölümü: Anatomi, Biyofizik, Biyoistatistik, Fizyoloji, Histoloji ve Embriyoloji, Tıbbi Biyokimya, Tıbbi Biyoloji, Tıbbi Mikrobiyoloji, Tıp Eğitimi ve Bilişimi, Tıp Tarihi ve Etik anabilim dallarını içerir. 2. Dahiliye Tıp Bilimleri Bölümü: Acil Tıp, Adli Tıp, Aile Hekimliği, Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Deri ve Zührevi Hastalıklar, Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Göğüs Hastalıkları, Halk Sağlığı, İç Hastalıkları, Kardiyoloji, Nöroloji, Nükleer Tıp, Radyasyon Onkolojisi, Radyoloji, Ruh Sağlığı ve Hastalıkları, Spor Hekimliği, Tıbbi Farmakoloji, Tıbbi Genetik anabilim dallarını içerir. 3. Cerrahi Tıp Bilimleri Bölümü: Anesteziyoloji ve Reanimasyon, Beyin ve Sinir Cerrahisi, Çocuk Cerrahisi, Genel Cerrahi, Göğüs Cerrahisi, Göz Hastalıkları, Kadın Hastalıkları ve Doğum, Kulak, Burun, Boğaz Hastalıkları, Kalp ve Damar Cerrahisi, Ortopedi ve Travmatoloji, Plastik, Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi, Tıbbi Patoloji, Üroloji anabilim dallarını içerir.