Filogenetik (doğal) sınıflandırmada dikkate alınan başlıca özellikler şunlardır: 1. Evrimsel Köken: Canlıların ortak ataları ve soylarının evrimsel süreçte nasıl dallandığı incelenir. 2. Genetik ve Moleküler Benzerlikler: DNA, RNA ve protein benzerlikleri, canlıların akrabalık derecesini belirlemede önemli rol oynar. 3. Anatomik ve Morfolojik Özellikler: İç ve dış yapılar, organ sistemleri ve vücut planları gibi özellikler değerlendirilir. 4. Embriyolojik Gelişim: Embriyo gelişimi sırasında gözlemlenen benzerlikler, evrimsel bağlantıları gösterebilir. 5. Fizyolojik ve Biyokimyasal Özellikler: Metabolik süreçler, enzimler ve hormonlar gibi biyokimyasal özellikler karşılaştırılır. 6. Fosil Kayıtları: Fosiller, türlerin tarihsel süreçteki dağılımını ve evrimsel bağlantılarını anlamada kullanılır. 7. Ekolojik ve Davranışsal Özellikler: Canlıların yaşadığı habitatlar, yaşam tarzları ve davranış biçimleri incelenir.