Doğal (filogenetik) sınıflandırma ile yapay (ampirik) sınıflandırma arasındaki temel farklar şunlardır: Dikkate Alınan Özellikler: Doğal sınıflandırma, canlıların tüm özelliklerini (anatomik, fizyolojik, genetik, embriyolojik vb.) dikkate alır. Yapay sınıflandırma, yalnızca dış görünüş ve yaşanılan yer gibi niteliksel gözlemlere dayanır. Organlar: Doğal sınıflandırma, homolog organları dikkate alır. Yapay sınıflandırma, analog organları esas alır. Bilimsel Adlandırma: Doğal sınıflandırma, bilimsel adlandırma kullanır. Yapay sınıflandırma, bilimsel adlandırma kullanılmaz. Geçerlilik: Doğal sınıflandırma, günümüzde geçerli olan sınıflandırma biçimidir. Yapay sınıflandırma, günümüzde geçerliliğini yitirmiştir.