Fen Bilimleri'nde en zor konu, kişinin çalışma durumuna, derse olan ilgisine ve diğer faktörlere bağlı olarak değişebilir. Bazı kullanıcıların görüşlerine göre en zor konular arasında şunlar yer almaktadır: TYT Fen: Fizik kısmı, özellikle optik konusu. AYT Fen: AYT fizikte 11. sınıf konuları, özellikle elektrik ve manyetizma. LGS Fen Bilimleri: Madde ve Endüstri, Enerji Dönüşümleri ve Çevre Bilimi, DNA ve Genetik Kod konuları. Genel olarak, fen bilimlerinde zor bir ayrım olmadığı ve kolay ya da zor konuların göreceli olduğu belirtilmektedir.