Fen Lisesi mezunları, ek puanlı yerleştirme hakkından yararlanamaz. Ek puanlı yerleştirme, genellikle meslek lisesi ve imam hatip lisesi mezunları için geçerlidir. Ek puanlı yerleştirme sistemi, mezun olunan lise alanıyla ilgili üniversite bölümlerini tercih eden adaylara ek puan sağlar. Bu sayede yerleştirme puanı, ham puana eklenen OBP (Ortaöğretim Başarı Puanı) ve alan uyumu ek puanları ile yükseltilir. Fen Lisesi mezunları, kendi alanlarına uygun tercihler yaptıklarında ek puan almazlar. Ancak, genel lise mezunları da dahil olmak üzere tüm adaylar için 0,12 katsayısı üzerinden ek puan hesaplanır.