Farmakognozi yüksek lisansı mezunları, doğal kaynaklı ilaç konusunda uzmanlar olarak çeşitli alanlarda çalışabilirler. Bu alanlar şunlardır: 1. Sağlık Bakanlığı ve Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'na ait birimler. 2. Referans laboratuvarları ve ilaç endüstrisi (ar-ge, üretim, kalite kontrol, ruhsatlandırma, pazarlama birimleri). 3. Akademik kurumlar, üniversitelerde öğretim üyesi olarak görev yapabilirler. Ayrıca, farmakognozi yüksek lisansı mezunları, bitkisel ilaç danışmanlığı da yapabilirler.