Enderun Mektebi, modern eğitimin yaygınlaşması ve Enderun'un bu teknikleri uygulamaya başlaması, devşirme sistemine aykırı öğrenci alınması, okul profiline uygun öğrenci alınmaması, devlet ve saray idaresinin bozulması gibi nedenlerle kapatılmıştır. Resmi olarak ise 1 Temmuz 1909'da bir kararname ve talimatname ile lağvedilmiştir.