Mutasyona neden olan mutajenler iki ana kategoriye ayrılır: fiziksel ve kimyasal mutajenler. Fiziksel mutajenler şunlardır: - Radyasyon: İyonlaştırıcı radyasyon türleri (X-ışınları, gama ışınları). - Sıcaklık: Her 10°C sıcaklık artışı mutasyon oranını yaklaşık beş kat artırır. - UV ışınları: DNA moleküllerinin yapısında pürin ve pirimidin bazlarını etkiler. Kimyasal mutajenler ise şunlardır: - Baz analogları: 5-Bromourasil, 2-aminopürin gibi yapılar DNA bazlarına benzer ve hatalı eşleşmelere neden olur. - Alkilleyici ajanlar: Nitrozoguanidin, Eflmetansülfonat gibi maddeler DNA yapısına alkil grubu ekler. - İnterkalasyon yapan ajanlar: Akridin boyaları gibi maddeler DNA bazları arasına girerek çerçeve kayması mutasyonlarına yol açar. - Deaminasyon yapan ajanlar: Nitroz asit, hidroksil aminler gibi maddeler amino gruplarını bazlardan uzaklaştırır.