Emrah Safa Gürkan'ın en iyi kitabının hangisi olduğuna dair kesin bir yanıt vermek mümkün değildir, çünkü bu, kişisel tercihlere bağlıdır. Ancak, Gürkan'ın bazı popüler ve beğenilen kitapları şunlardır: "Sultanın Casusları: 16. Yüzyılda İstihbarat, Sabotaj ve Rüşvet Ağları". "Ezbere Yaşayanlar: Vazgeçemediğimiz Alışkanlıkların Kökenleri". "Cumhuriyetin 100 Günü: İnkılabın Ayak Sesleri". "Bunu Herkes Bilir: Tarihteki Yanlış Sorulara Doğru Cevaplar". Gürkan'ın diğer kitapları arasında "Sultanın Korsanları: Osmanlı Akdenizi’nde Gazâ, Yağma ve Esaret, 1500 – 1700" ve "Fransız Devrimi" de bulunmaktadır.