Eko-Okullarda Yeşil Bayrak almak için aşağıdaki adımlar izlenmelidir: 1. Kayıt Olma: Okul yönetimi ve koordinatör öğretmen, Eko-Okullar Programına katılmak için müracaat formu doldurur. 2. Programı Yürütme: Okullar, programın temelini oluşturan 7 adımı (Eko-Komitelerin Kurulması, Çevresel İnceleme, Eylem Planı, Gözlem ve Değerlendirme, Müfredat Çalışması, Bilgilendirme ve Katılım, Eko-İlke) kendi müfredatlarına adapte eder. 3. Ödül Başvurusu: En az iki eğitim-öğretim yılı programda yer almış okullar, eylemin üçte ikisini gerçekleştirdikten sonra Yeşil Bayrak ödülü için başvurabilir. 4. Başvuru Dosyası: "Yeşil Bayrak Ödül Başvuru Formu" doldurularak, soruların detaylı cevapları ve etkinliklerin açıklamalarını içeren bir CD ile birlikte gönderilir. Başvuru için gerekli koşullar: Okulun iki eğitim-öğretim yılına ait tüm dokümanlarını eksiksiz göndermiş olması. Okulun aynı konuyu işliyor olması. Yeşil Bayrak ödülünün geçerlilik süresi iki yıldır ve her iki yılda bir yenilenmesi gerekir.